Jerusalemin veri on nopeatempoinen ja taitavasti rakennettu poliittinen trilleri, joka tapahtuu kristityn, juutalaisen ja islamilaisen maailman pyhässä kaupungissa.

Kristitty palkkasotilas Léon de Payen tappaa Mossadin laskuun palestiinalaisia itsemurhapommittajia ennen kuin nämä ehtivät iskeä Jerusalemin kaduilla. De Payen saa vihiä kristittyjen uskonkiihkoilijoiden järjestöstä, La Milice du Christistä, jonka jäsenet suunnittelevat räjäyttävänsä Temppelivuoren, kun tuhannet juutalaiset ja muslimit ovat juhlapyhiensä vuoksi paikalla. Jos suunnitelma onnistuu, joukkomurha ajaa juutalaiset ja arabit ennennäkemättömään vihan kierteeseen.

Moraalista jaakopinpainia työnsä oikeutuksesta käyvä de Payen yrittää estää Temppelivuoren tuhon, mutta niin poliittisten, uskonnollisten kuin henkilökohtaistenkin intressiensä ajamat juutalais- ja arabijohtajat tekevät hänen yrityksestään vaikean. Panoksena on de Payenin ja koko Lähi-idän tulevaisuus.